Recherche & Études supérieures

En réaction aux coupes budgétaires annoncées par l’administration Trump, OpenAI lance le consortium NextGenAI, une initiative internationale dotée de 50 millions de dollars pour soutenir la recherche académique en intelligence artificielle.

Le test Ventana FOLR1 RxDx de Roche, conçu pour détecter une protéine clé dans 90 % des tumeurs ovariennes, ouvre la voie à des traitements plus ciblés et efficaces en Europe.

La réglementation de l'usage de l'intelligence artificielle (IA) dans la recherche médicale vise à garantir la sécurité, l'éthique et la performance d'un programme de recherche (RGPD, Cnil, loi relative à la bioéthique et bientôt l'AI Act). En Europe et en France, l'arsenal règlementaire, complété par les institutions de santé référentes, offre un solide cadre règlementaire.

Visant à accompagner les promoteurs académiques et industriels dans leurs projets d'essais cliniques décentralisés (DCT), la phase pilote de 6 mois lancée en janvier 2024 par la Commission nationale de l’informatique et des libertés (Cnil) et ses partenaires institutionnels, et ouverte aux études internationales en mars, est prolongée jusqu'à septembre.

Éviter les dérives éthiques et parfaire la formation des futurs et actuels soignants : la Haute autorité de santé (HAS) consacre une partie au numérique en santé dans la dernière version de son guide des bonnes pratiques de la simulation, parue en avril 2024.

Soutenir, développer et créer des équipements structurants, tels que les plateformes de recherche ouvertes aux PME, en apportant un soutien financier à des plateformes et équipements mutualisés permettant la collaboration en recherche et développement dans le territoire francilien : tel est l'objectif de l'AAP "Plateformes de recherche - SESAME" lancé par la région Île-de-France.

Répondre aux besoins croissants des institutions publiques et des entreprises dans les domaines des avancées numériques, de la transition écologique et des évolutions industriels : tel est l'objectif du nouveau plan de développement du Genes, destiné à la formation d'experts en data science.

Le séquençage haut-débit, la bio-informatique, l'approche « Single Cell », le patient au centre de la recherche et la création d’un consortium européen pour analyser les troubles cognitifs liés au cancer sont autant d'initiatives portées par les cancéropôles à travers la France. Fin 2023, l'Institut national du cancer a publié un bilan de 20 ans depuis la création des cancéropôles en France.

Créés en 2003, soutenus par l’Institut national du cancer depuis 2005 et labellisés depuis 2011, 7 cancéropôles contribuent à structurer la recherche au niveau régional ou interrégional, selon les orientations stratégiques de l’Institut et de la Stratégie décennale de lutte contre les cancers 2021-2030. Répartis sur le territoire national, les cancéropôles ont 4 missions principales :
• inscrire la recherche en cancérologie dans une dynamique régionale en s’appuyant sur une connaissance approfondie de l’écosystème régional (recherche, santé, industrie, politique) ;
• faciliter les collaborations entre les chercheurs d'un même cancéropôle ;
• accompagner les chercheurs dans la détection de nouveaux projets, notamment au travers d'appels à projets régionaux ou interrégionaux (AAP) ;
• contribuer à la valorisation scientifique et économique des résultats de la recherche.

Dans cet article, Health & Tech Intelligence revient sur 4 exemples de projets innovants menés par 4 cancéropôles :
📌 le cancéropôle Île-de-France (CIDF) ;
📌 le cancéropôle Paca ;
📌 le cancéropôle Lyon Auvergne-Rhône-Alpes (Clara) ;
📌 le cancéropôle Nord-Ouest (CNO).

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Cancéropôle Île-de-France (CIDF) : les données de séquençage haut débit

Le CIDF accompagne depuis 2014 les chercheurs débutants en bio-informatique en les formant à l’analyse de données issues de séquençage haut débit. Avec une demande très forte des équipes franciliennes, les formations adoptent un format Mooc (Massive Online Open Course) depuis 2021, permettant de former simultanément un grand nombre de personnes. Ces formations ont pour objectifs de permettre aux chercheurs biologistes de se familiariser avec les concepts des analyses NGS (Next-Generation Sequencing), d’acquérir le vocabulaire et de s’initier à l’analyse de données avec R Studio.

Cancéropôle Paca : des actions régionales structurantes

Les actions structurantes sont des programmes cherchant à faire émerger et structurer une thématique spécifique à partir des opportunités présentes dans la région. Elles permettent le partage de ressources et de connaissances, sont accessibles et ouvertes à tout membre de la communauté. Dirigées par des membres du Comité scientifique et des experts, ces programmes sont centrés sur des technologies innovantes allant de la bio-informatique à des approches « Single Cell », c'est à dire le séquençage de cellule unique où un ensemble de techniques de biolgie moléculaire permettant l'analyse de l'information génétique.

Ils passent aussi par des modèles précliniques tridimensionnels (3D-Hub), des outils génériques de pointes (CRISPR Screen), la neuro-oncolgie (PETRA Network), la métabolomique (Met’Connect) ou encore la transcriptomique spatiale (ST-omics). Fin novembre 2023, l’Inca a dévoilé les 3 lauréats de l’AAC Pedriatex23, 3 consortiums retenus pour former des centres de recherche contre le cancer des enfants : En-Hop Smart4CB, Paris Kids Cancer et South Rock. South Rock est l’exemple d’un consortium entre deux régions : il allie l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique (IHOPE) de Lyon et les Hôpitaux Universitaires de Marseille (AP-HM) afin d'accélérer leur recherche et d'unir leur technologie de pointe pour lutter contre le cancer chez les enfants.

Cancéropôle Lyon Auvergne-Rhône-Alpes (Clara) : le patient au cœur de l’innovation

Créé en 2022, le groupe de travail Eclair (Expérience Patient-CLARA-Innovation-Recherche) rassemble des patients experts et les associations pour mettre en valeur l’impact du vécu dans la lutte contre le cancer. Eclair mène l’appel à projets « Oncostarter » (Emergence) baptisé « Expérience Patient », une initiative pionnière pour reconnaître le patient comme un acteur et un décideur à part entière.

« Les patients apportent leur expérience et leur vécu sur leur(s) pathologie(s), l’annonce du diagnostic difficile, leurs traitements, leur vie quotidienne. Dans la recherche, de simples témoins, ils s’engagent à toutes les étapes et deviennent investigateurs » explique Raymond Merle, Directeur du Département Universitaire des Patients, Grenoble.

Cancéropôle Nord-Ouest (CNO) : le programme Cancer & Cognition

Le CNO développe une approche multidisciplinaire des troubles cognitifs liés avec le cancer et ses traitements. L’ouverture à l’internationale a conduit à la création d’un consortium européen « Cancer & Cognition ». Au total, le CNO pilote 12 équipes de recherche participant au consortium, dont 8 pays européens (France, Belgique, Danemark, Allemagne, Autriche, Pays-Bas, Espagne et Portugal).

Les recherches sont désormais étendues aux tumeurs cérébrales et les nouvelles voies impliquées dans la genèse des troubles cognitifs. La transmission de l’expertise multidisciplinaire du CNO est favorisée par un diplôme Interuniversitaire avec l’objectif d’approfondir les connaissances des professionnels de santé et des chercheurs sur les troubles neuropsychologiques liés au cancer, les mécanismes impliqués et les possibilités de prise en charge.

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Déployer les outils d'estimation des coûts de projets en conditions réelles pour obtenir des mesures concrètes, tel est l'objectif de cette nouvelle phase de test de 6 mois entamée par le Health Data Hub (HDH). Cela concerne deux outils qui ont pour but de définir un modèle commun de valorisation économique des données de santé dans le cadre de leur utilisation secondaire.

Le groupe de travail (GT) "Financement" du HDH a donc décidé de prolonger cette phase de test, impliquant l'AP-HP et le Ouest data hub. Les mesures ciblées concernent différents aspects tels que :
📌 le nombre de projets déposés ;
📌 le nombre de devis réalisés ;
📌 le temps consacré à l'estimation des coûts, etc.

Définir le périmètre des tarifications homogènes

Après une première phase de test réalisée ces 6 derniers mois qui a déjà confirmé l'utilité de ces outils, le GT propose également une harmonisation des méthodes de calcul des redevances. Ses conclusions soulignent la nécessité d'établir "un modèle de tarification unifié à l'échelle nationale pour soutenir opérationnellement les dépositaires des données de santé". Ceci tout en rappelant qu'une majoration des coûts "n'est pas possible en vertu du Data Governance Act européen entré en vigueur en septembre 2023".

Au cours des 6 prochains mois, des points d'étapes seront organisés pour recueillir les retours et les difficultés des organismes partenaires, permettant ainsi d'affiner les outils. À la fin de cette phase de test, le GT pourra :
➡️ préciser "le périmètre minimal des activités sujettes à une tarification homogène sur le territoire national" ;
➡️ mais aussi se pencher sur le déploiement d'un modèle de tarification "universel et national", contribuant à "l'harmonisation des coûts d'accès aux données de santé, essentielle dans la reconnaissance et la valorisation du travail fourni pour la constitution du patrimoine des données de santé".

Les deux outils sélectionnés

Les deux outils soumis à cette évaluation approfondie proviennent d'acteurs majeurs du secteur de la santé en France :

• le premier, développé par l'AP-HP, offre une approche flexible, permettant aux utilisateurs d'"associer des profils à des tâches et d'ajuster les coûts en fonction des spécificités de chaque projet" ;
• le second, en revanche, élaboré par le Ouest data hub, "standardise l'association de profils et de charges, se révélant particulièrement adapté aux projets impliquant plusieurs centres de données".

Caractéristiques des outils :

• L'outil de l'AP-HP se distingue par sa flexibilité dans l'estimation des coûts. Les utilisateurs peuvent "associer plusieurs profils à chaque tâche et estimer ad hoc la charge pour chaque profil, qui est ensuite multipliée par un coût journalier moyen basé sur le salaire attribué à chaque profil". Toutefois, sa flexibilité "nécessite un certain recul et expérience dans son utilisation". 
• De son côté, l'outil du Ouest data hub standardise l'association de profils et de charges en utilisant "un ensemble de variables pour qualifier la complexité du projet". Il génère des scores de majoration de la charge standard estimée pour chaque tâche, se révélant "idéal pour le chiffrage de projets mobilisant plusieurs centres de données". Cependant, sa grille complexe peut poser des défis pour des établissements moins matures. 

Conformité réglementaire :

Les deux outils prévoient une majoration ou une minoration du coût final en fonction de plusieurs facteurs, tels que le profil du porteur de projet ou l'intérêt scientifique du projet.

Il est important de noter que cette approche est en conformité avec le Data Governance Act européen de juin 2022, entré en vigueur en septembre 2023, qui régit le cadre légal permettant aux acteurs publics de percevoir des redevances en contrepartie de la mise à disposition de données de santé.

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Caractériser l’ensemble des séjours et des patients, quels que soient les motifs de leur recours aux soins : tel est l’objectif principal du premier socle d’items concernés par une proposition de standardisation à l’échelle des EDS, qui a émergé du groupe de travail (GT) "Ensemble des variables communes à tous les entrepôts", le 29 novembre dernier.

Le comité stratégique des données de santé du Health Data Hub avait mandaté ce groupe de travail en janvier 2023, sous le pilotage du Pr Geneviève Chêne du CHU de Bordeaux, ainsi que le Dr Cyrille Delpierre de l’Inserm, pour établir un socle commun de données de santé et variables ayant vocation d'être adopté par l’ensemble des entrepôts de données de santé (EDS) hospitaliers du territoire national.

Ce socle contient les 51 items les plus couramment collectés par les établissements dans le cadre des soins, notamment :
➡️ certaines données cliniques ;
➡️ les données d’admissions ;
➡️ les données médicamenteuses ;
➡️ les données socio-démographiques ;
➡️ les diagnostics ;
➡️ ainsi que certains résultats biologiques.

Issues du soin, les données collectées par les EDS hospitaliers constituent un enjeu important pour la recherche, l’évaluation, le pilotage des hôpitaux et des politiques de santé publique en France.

👉 Le rapport du GT, qui détaille les items concernés ainsi que les recommandations du groupe,dont la synthèse est disponible ici.

Des standards communs pour favoriser la recherche

L'objectif principal du comité stratégique des données de santé mandaté par le ministère de la Santé et de la Prévention est de créer un socle commun de données pour les EDS hospitaliers à l'échelle nationale. Ce socle vise à établir un standard pour les données, notamment :

• leur collecte ;
• leur mise en qualité ;
• leur standardisation ;
• et leur documentation.

Ce socle devrait garantir ainsi une meilleure disponibilité des données au sein des établissements de santé, en favorisant leur mutualisation. Il contribuera à la constitution d'un réseau national interopérable d'EDS.

Un réseau national d'EDS de santé et de nouvelles perspectives d'utilisation :

La mise en place de ce socle permettra d'ouvrir de nouvelles perspectives d'utilisation des données, aussi bien à l'échelon local que dans une vision globale du système de santé hospitalier. Il facilitera la réalisation d'études, d'évaluations et de recherches jusqu'ici inaccessibles, tout en soutenant la gestion des établissements de santé et l'évaluation des parcours et des pratiques de soins. En intégrant des données cliniques, biologiques et thérapeutiques, le socle devient une ressource majeure pour :

• la prévention ;
• la pharmacovigilance ;
• et la sécurité sanitaire.

À long terme, le socle servira d'interface avec d'autres initiatives d'EDS, favorisant la construction d'une description complète du patient et de son parcours entre la ville et l'hôpital. En déployant opérationnellement ce socle, la France marque la constitution d'un réseau national d'EDS.

Deux lots de données exploités :

Le premier lot du socle de données prioritaire est constitué d'éléments principalement recueillis dans le cadre du soins. Ces données, "souvent déjà structurées et fiables", comprennent :

• les données du PMSI, collectées localement par les hôpitaux, qui représentent une source cruciale d'informations sur l'activité médicale des hôpitaux ;
• les données socio-démographiques, qui fournissent un contexte important sur les patients, telles que l'âge, le sexe, et d'autres caractéristiques démographiques ;
• les données de prescription et d’administration permettant de caractériser l’exposition médicamenteuse des patients, cruciales pour comprendre les traitements médicamenteux auxquels les patients ont été exposés ;
• les résultats d’examens de biologie médicale, qui offrent des informations sur la santé biologique des patients, aidant à évaluer des paramètres tels que les analyses sanguines ;
• et les données issues de l’examen clinique des patients, recueillies lors de l'examen physique des patients par les professionnels de la santé.

Le deuxième lot de données comprend quatre éléments liés à des comportements à risque pour la santé, mesurés à l'échelle individuelle, tels que :

• la consommation de tabac : informations sur les habitudes de tabagisme des patients ;
• la consommation d’alcool : informations sur les habitudes de consommation d'alcool ;
• les autres addictions : données relatives à d'autres comportements addictifs (drogues, jeux, médicaments…) ;
• l'activité physique.

La priorité accordée à ces données vise à "établir une base solide pour la collecte, la mise en qualité, et la standardisation des informations essentielles à la compréhension et à l'amélioration des soins de santé, tout en considérant des aspects comportementaux influençant la santé individuelle."

Des recommandations pour une mise en place efficiente

Dans le cadre de l'appel à projets (AAP) EDS, et afin d'assurer le succès de cette initiative et le déploiement du socle au sein de l'ensemble des EDS selon la feuille de route proposée pour chaque établissement, le GT a formulé plusieurs recommandations stratégiques :

• établir des standards appropriés pour les données du socle : cela implique la définition de spécifications techniques pour les formats de données et les terminologies essentielles. Le HDH recommande des "travaux complémentaires, y compris une phase pilote", pour "évaluer l'implémentation initiale du standard au sein des établissements lauréats, permettant ainsi d'améliorer la cartographie initiale du socle" ;
• clarifier le cadre réglementaire : en étroite collaboration avec la Cnil, le HDH recommande de "clarifier le cadre réglementaire lié au rapprochement direct au niveau individuel entre les bases de données de santé et d'autres bases nationales ou locales, en particulier sociales ou environnementales." Cette clarification devrait faciliter "la réalisation d'études intégrant divers déterminants de santé".
• renforcer la formation des acteurs hospitaliers : autre recommandation du GT du HDH, celle de "renforcer la formation des professionnels de la santé sur l'importance de la qualité des données, du recueil précis et complet de ces données, ainsi que sur l'utilisation secondaire des données". La formation initiale et continue" devrait être intégrée dans la réflexion pour "favoriser l'émergence de profils multidisciplinaires capables de gérer efficacement un réseau pérenne d'EDS hospitaliers".
• clarifier rapidement le financement pérenne des EDS hospitaliers : la dernière recommandation du groupe porte sur la définition d'un financement "durable qui couvre les coûts d'implémentation, de maintenance, d'évolution et de partage des données du socle commun sur la durée".

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