Transition numérique de l’anapath : un chantier à 400 M€ (rapport de mission ministérielle)
Publié le jeudi 24 juillet 2025 à 15h40
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Avec un coût estimé à 400 M€, la numérisation de l'anapath nécessite des financements. Le rapport préconise un pilotage national, un modèle cloud et des normes d’interopérabilité. Un déploiement en trois ans est envisagé dans le public, mais le modèle économique pour le privé reste à construire.
- La spécialité évolue vers une numérisation des lames et l’intégration de l’IA.
- Seule une minorité des 223 structures françaises est aujourd’hui entièrement numérisée.
- Le coût estimé de la transition est de 106 M€ pour le public et plus de 300 M€ pour le privé.
- 30 M€ ont été engagés sur les 80 M€ prévus à horizon 2025.
- Le CNPath serait chargé du pilotage national, en lien avec les agences et sociétés savantes.
- Un cloud centralisé mutualisé est recommandé pour le stockage des lames.
- Un déploiement en trois ans est envisagé pour le secteur public (pour le secteur privé, un modèle économique “reste à construire”).
De la lame au cloud : une spécialité en transition vers le numérique
L’anatomopathologie (anapath), est une spécialité médicale qui étudie, à partir de prélèvements, les lésions des tissus et les cellules afin de comprendre les mécanismes biologiques et la nature des maladies . Elle repose principalement sur l’examen au microscope d’échantillons biologiques (biopsies, pièces opératoires, frottis, etc.). L’anapath éclaire les décisions thérapeutiques et participe à la compréhension des pathologies. Longtemps fondée sur l’observation au microscope, elle évolue aujourd’hui vers des pratiques numériques, comme l’IA.
La pathologie numérique repose sur la numérisation des lames de microscope pour permettre leur lecture sur écran, et leur stockage sécurisé dans un format durable. En France, seules quelques structures sont aujourd’hui entièrement numérisées, même si de nombreux établissements publics ont amorcé cette transition. Complexe sur les plans technique, organisationnel et informatique, cette évolution soulève aussi des enjeux de stockage à long terme et de gouvernance des données.
Coût de la transition numérique en anapath : 106 M€ pour le public, 300 M€ pour le privé
400 M€ pour une numérisation complète du public et du privé
Dans le cadre de France 2030 et de la stratégie décennale de lutte contre le cancer, les pouvoirs publics ont confié une mission au professeur Solène-Florence Kammerer-Jacquet, pathologiste PU-PH au CHU de Rennes, et au docteur Laurent Tréluyer, directeur des systèmes d’information de la CNAF et ancien directeur des services numériques de l’AP-HP, afin d’accompagner la numérisation des services d’Anatomie et Cytologie Pathologiques (ACP) ou Pathologie dans les établissements de santé. Le rapport, remis en juillet (mais dont l’initiative date de 2023), identifie trois axes :
- Soutien financier et méthodologique aux établissements (400M€ au total entre le secteur public et privé)
- Gouvernance du stockage des données numériques.
- Et mise en réseau des acteurs.
30 M€ déjà déployés
À ce jour, seule une minorité des 223 structures françaises de pathologie est entièrement numérisée, malgré les bénéfices observés en termes de diagnostic, de recherche et d’enseignement. Le coût global est estimé à 106 millions d’euros pour le secteur public et à plus de 300 millions pour le privé (400 au total). Aussi, seuls 30 M€ ont été engagés via France 2030 et la stratégie décennale de lutte contre le cancer, sur les 80 M€ prévus à l’horizon 2025.
Interopérabilité, stockage, gouvernance : les conditions techniques du virage numérique :
- Gouvernance à trois niveaux et pilotage national par le CNPath : Le rapport recommande une gouvernance articulée à l’échelle locale, régionale et nationale. Les établissements restent responsables de l’équipement, du stockage des lames de soin et de la sélection des lames d’intérêt. Les ARS peuvent promouvoir la numérisation pour garantir l’accès aux soins sur l’ensemble du territoire. Au niveau national, la coordination est confiée au CNPath, en lien avec les sociétés savantes (SFP, SFCC, AIP, AFAQAP) et les agences nationales (ANS, ANAP, DNS, DGOS).
- Vers une architecture mutualisée et l’intégration de l’IA : Trois modèles d’architecture sont envisagés pour le stockage des lames numériques. Le plus pertinent serait un modèle cloud centralisé, capable de mutualiser les ressources et d’offrir une base pour le développement d’outils d’intelligence artificielle. Plusieurs structures (AP-HP Kremlin-Bicêtre, CHU Rennes) ont déjà intégré des solutions d’IA dans leur workflow de diagnostic (prostate, sein, col utérin).
- Enjeux techniques, organisationnels et réglementaires : La numérisation des lames histologiques suppose des équipements dédiés (numériseurs, SGI, capacités de stockage) et une refonte des processus métiers. Les difficultés concernent l’interopérabilité des outils, le manque de solutions cloud en production et les contraintes de stockage à long terme. Le rapport souligne la nécessité de standards ouverts (DICOM, HL7/FHIR) et d’adaptations réglementaires sur l’archivage des lames numériques.
Le coût moyen d’une lame numérisée est de 3 €
La numérisation des services d’anatomopathologie repose sur l’acquisition de plusieurs types d’équipements. Les scanners de lames, cœur du dispositif, qui coûtent environ 220 000 € HT l’unité et doivent être dimensionnés en fonction du volume de lames à traiter, soit un scanner pour 100 000 à 150 000 lames par an. À cela s’ajoutent les postes d’interprétation, estimés entre 1 000 et 2 000 € HT chacun, nécessaires à la lecture des lames numérisées par les pathologistes. Chaque site doit également se doter d’un système de gestion d’images (SGI), dont le coût avoisine les 200 000 € HT. L’usage d’interfaces standards (DICOM, HL7/FHIR) via des API ouvertes est recommandé pour garantir l’interopérabilité et contenir les coûts d’intégration. Le stockage des lames numériques, encore limité (environ 1 M€ cumulé), représente une dépense croissante (+1 M€ par an), justifiant une approche mutualisée à l’échelle nationale. Enfin, la réussite du déploiement repose aussi sur la mobilisation de ressources humaines qualifiées pour piloter les appels d’offres, assurer l’intégration technique et accompagner les transformations organisationnelles.
Déploiement en 3 ans, gouvernance à inventer pour le privé : le rapport appelle à des investissements
Un déploiement en trois ans est envisagé pour les établissements publics, en commençant par ceux déjà engagés. Pour les structures privées, un modèle économique reste à définir. Une plateforme nationale pourrait centraliser les lames d’intérêt tout en laissant les établissements gardiens de leurs données. Le rapport conclut que le passage à la pathologie numérique ne pourra se faire sans une politique volontariste et durable de l’État. Ce soutien devra inclure les financements, la régulation, les normes d’interopérabilité, la formation continue et l’ajustement du cadre éthique. La numérisation constitue une étape pour renforcer la qualité des soins, soutenir la recherche biomédicale française et intégrer pleinement la spécialité dans l’ère de la santé numérique.
4 volets de recommandation :
En synthèse, le rapport formule les recommandations suivantes :
Gouvernance multi-niveaux : la CNPath en chef d’orchestre
- Localement : les établissements restent responsables de l’acquisition des équipements, du stockage des lames de soin et de la sélection des lames d’intérêt pour la recherche et l’enseignement.
- Régionalement : les ARS sont invitées à structurer et coordonner les projets de numérisation en cohérence avec les plans régionaux de santé.
- Nationalement : le CNPath assurerait la coordination des déploiements, le suivi des usages, l’intégration de l’IA, la formation, avec l’appui de la DNS, DGOS, ANS, ANAP et des sociétés savantes.
Architecture : privilégier le Cloud centralisé et le format DICOM
- Préférence pour une infrastructure cloud centralisée, mutualisée à l’échelle nationale pour le stockage des lames d’intérêt (5 à 10 % des lames produites), garantissant scalabilité et accès aux outils d’IA.
- Adoption du format DICOM pour les images, standardisation des échanges via des API ouvertes HL7/FHIR pour favoriser l’interopérabilité entre SGI, SGL et outils d’IA.
Modèle économique : besoin de 400M€, sur 3 ans (pour le public)
- Coût estimé : 106 M€ pour le public, plus de 300 M€ pour le privé, soit environ 3 € par lame.
- Financements proposés : FMIS, France 2030, Innovation Santé 2030, crédits MERRI pour le public, dispositifs de droit commun (forfaits numériques, modificateurs d’actes) pour le privé.
- Déploiement en trois ans pour le secteur public, en priorité dans les structures déjà engagées.
Accompagnement au changement
- Mise en place de comités de pilotage locaux avec DSI, ingénierie biomédicale et pathologistes.
- Formation des professionnels à la lecture des lames numérisées et à l’usage de l’IA.
- Définition d’une stratégie nationale d’interopérabilité, potentiellement intégrée au Ségur numérique.
Kammerer-Jacquet SF, Tréluyer L. Politique de numérisation de l’anatomie et cytologie pathologiques : rapport de la mission ministérielle. Paris : Ministère de la Santé et de la Prévention ; 2024.
