Une plateforme conçue pour durer et élargir la veille aux futures menaces infectieuses

Le 19 mars 2025, Santé publique France, l’Inserm/ANRS Maladies infectieuses émergentes et l’Anses ont lancé EMERGEN 2.0. Ce projet succède au consortium EMERGEN, mis en place en 2021 pour suivre l’évolution du SARS-CoV-2 via la génomique microbienne. EMERGEN 2.0 conserve cet objectif, tout en élargissant son périmètre à d’autres pathogènes d’origine virale, bactérienne, fongique ou parasitaire. Ce nouveau dispositif s’inscrit dans la stratégie d’accélération « maladies infectieuses émergentes et menaces nucléaire, radiologique, biologique et chimique » de France 2030. Il est doté d’un budget de 12 millions d’euros sur cinq ans, financé par l’Agence nationale de la recherche (ANR). Sa coordination repose sur les trois institutions fondatrices, avec l’Anses désormais partie prenante, renforçant l’approche intersectorielle.

Un héritage opérationnel de la crise COVID-19

Durant la pandémie, EMERGEN a permis de conduire 135 enquêtes flash et produire 55 analyses de risque sur les variants du SARS-CoV-2, en lien avec le centre national de référence des viroses respiratoires. Il a aussi soutenu 16 projets de recherche, pour un total de 9,3 millions d’euros. Les résultats ont orienté les décisions sanitaires. Pensé dès l’origine comme évolutif, EMERGEN a préparé le terrain à une réponse plus large, multisectorielle et durable. EMERGEN 2.0 consolide donc cette dynamique en coordonnant les capacités de séquençage existantes et en structurant une plateforme bio-informatique dédiée, intégrant la base de données génomiques.

Un élargissement concret : Mpox et grippe zoonotique en ligne de mire

Le déploiement d’EMERGEN 2.0, amorcé dès octobre 2024, cible dans un premier temps la surveillance génomique du Mpox et des grippes zoonotiques. La réunion de lancement, tenue le 19 mars 2025, marque le démarrage opérationnel du programme avec l’ensemble des partenaires réunis pour fixer les étapes à venir. Le dispositif prévoit également de poursuivre les appels à projets de recherche et d’élargir les thématiques aux pathogènes émergents ou ré-émergents, tout en renforçant les outils bio-informatiques mis en œuvre pendant la crise Covid-19.

Approche « Une seule santé » et gouvernance partagée

L’intégration de l’Anses entérine l’adoption d’une approche « One Health », interconnectant santé humaine, animale et environnementale. EMERGEN 2.0 favorisera le partage de séquences issues de différentes origines, en collaboration avec les projets SUM’Eau et Obépine+ pour la surveillance des eaux usées. Il prévoit également l’ouverture des données aux équipes de recherche. Les responsables des trois institutions soulignent la nécessité d’une articulation renforcée entre surveillance et recherche, publique comme privée. Pour Gilles Salvat (Anses), cette plateforme permet l’harmonisation des outils de surveillance dans une logique collaborative. Pour Bruno Coignard (Santé publique France), elle favorise la réactivité face aux émergences. Hervé Raoul (ANRS) insiste enfin sur la place centrale de la recherche en période inter-épidémique. En structurant un réseau national de séquençage, en développant une base de données centralisée et en coordonnant la production de connaissances sur les pathogènes émergents, EMERGEN 2.0 vise à anticiper les crises sanitaires à venir. Il entend consolider les liens entre surveillance et recherche, pour répondre plus efficacement aux futures pandémies.