2e AAP du Health Data Hub : 10 projets retenus sur 138 pour améliorer l’expérience de santé via l’IA
Paris - Publié le vendredi 10 juillet 2020 à 14 h 27 - n° 11269 Le CHU de ToulouseCentre Hospitalier Universitaire de ToulouseCentre Hospitalier Universitaire de Toulouse (2 projets), l'AP-HPAssistance Publique - Hôpitaux de Paris, l'Institut CurieInstitut CurieInstitut Curie, l'Université de BordeauxUniversité de BordeauxUniversité de Bordeaux, l'Institut Mines TelecomInstitut Mines TelecomInstitut Mines Telecom, la Fondation RothschildFondation Adolphe de RothschildFondation Adolphe de Rothschild ainsi que les sociétés privées QuantmetryQuantmetryQuantmetry, Damae MedicalDAMAE MedicalDAMAE Medical et E-ScopicsE-ScopicsE-Scopics sont les porteurs des 10 projets lauréats sélectionnés à l’issue du deuxième appel à projets (AAP) co-organisé par le Health Data HubHealth Data HubHealth Data Hub (HDH) avec le Grand Défi « amélioration des diagnostics médicaux par l’IA » et BpifranceBpifranceBpifrance. Ces résultats ont été dévoilés à l’occasion d’un événement en ligne et au Hub de Bpifrance la 9 juillet 2020.Pour rappel, cet AAP avait pour objectif de sélectionner une deuxième vague de projets innovants centrés cette fois-ci sur l’amélioration de l’expérience du système de santé par l’intelligence artificielle. Les candidats devaient se positionner sur l’un des 2 axes suivants :
● « développement d’application à base d’IA à destination des professionnels ou des patients » ;
● « développement de modèles de populations pour la prévention ou la thérapie fondés sur des techniques innovantes d’analyse de données ».
Chaque projet lauréat va bénéficier :
● d’un soutien financier provenant du Grand Défi et opéré par Bpifrance d’un montant maximum de 300 000 euros sous forme de subvention pour des dépenses de recherche et développement et pour une durée de projet comprise entre 12 mois et 24 mois ;
● d’un accompagnement opérationnel de la part du HDH portant par exemple sur les démarches visant à accéder aux données, l’appui à la collecte et l’organisation des données, la mise à disposition de moyens de calcul et de stockage, la mise en relation avec d’autres acteurs de l’écosystème.
Les 10 projets lauréats (en bref) :
● AI-DA Ultrasound :
- porteur principal : e-Scopics
- partenaire : CHU de Bordeaux
objectif : guider l’utilisateur (endocrinologue ou gastroentérologue) dans la prise en main de la sonde d’échographie ultra-portable digitale développée par E-Scopics, en développant des outils d’assistance au positionnement de la sonde et à l’acquisition de mesures ;
● Apriorics (« Apprentissage profond renforcé par l’immunohistochimie pour la requalification d’images de cancers du sein ») :
- porteur : CHU de Toulouse
- partenaire : Institut Claudius Regaud
objectif : utiliser l’IA afin de décrire les tumeurs (cancers du sein) de manière précise, extensive et intelligible pour le pathologiste ;
● Apsoren :
- porteur : CHU de Toulouse
- partenaire : Collective Thinking
objectif : fournir un outil permettant de repérer les patients victimes de traumatisme crânien qui ne bénéficieraient pas de l’ensemble des soins qui leur seraient nécessaires ;
● Daicap (Développement d’un outil d’aide à l’interprétation de l’IRMIRMImagerie par Résonnance Magnétique prostatique) :
- porteur : AP-HP
- partenaires : Inria, CHU de Lyon-Edouard Herriot, CHU de Lille, CHU de Strasbourg, CHU de Bordeaux-Pellegrin, Incepto
objectif : détection et caractérisation du cancer de prostate basé sur l’IA (apprentissage profond par réseau de neurones) ;
● Deepmap :
Porteur : Damae Medical
Damae Medical développe une technologie d’imagerie optique propriétaire LC-OCT permettant d’acquérir des images microscopiques 3D de la peau. Dans le cadre du projet Deepmap, la société propose de développer une solution d’aide à l’interprétation de ces signaux afin de mieux caractériser les lésions suspectées de cancer et d’en définir les marges de résection optimales ;
● Innerve :
- porteur principal : Quantmetry
- partenaire : CHU Bicêtre (AP-HP)
objectif : développement d’un logiciel de diagnostic précoce des neuropathies des petites fibres basé sur l’IA ;
● Precision-Predict :
- porteur principal : Institut Curie
- partenaires : Centre Léon Bérard, Centre Oscar Lambret, Institut du Cancer de Montpellier, Centre Paoli-Calmettes, Centre Jean Perrin, Centre François Baclesse, Centre Georges-François Leclerc, Institut Bergonié
objectif : créer une base de données cliniques et d’imagerie médicales de patients atteints d’un cancer broncho-pulmonaire avec une mutation activatrice de l’EGFREGFRepidermal growth factor receptor et traités par une thérapie ciblée ;
● Sedaar :
- porteur principal : Fondation Rothschild
- partenaire : ADCIS
Objectif : construction d’une base d’images ophtalmologiques (OCTOCTOptical Coherence Tomography (tomographie en cohérence optique) et rétinophoto) multimodale, multi pathologie et de qualité (annotation manuelle de qualité) ;
● Tamis :
- porteur principal : Institut Mines Telecom
- partenaires : CHU Avicenne (AP-HP), Tribvn
objectif : coupler IA et production par microscopie holographique de jumeaux optiques super-résolus des frottis sanguins afin de permettre une manipulation numérique facilitée pour une exploration approfondie de l’ensemble du volume des cellules.
Les projets sont présentés en détail ci-dessous.
10 projets ont été sélectionnés par le jury sur 138 dossiers reçus. - © D.R.
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Bilan à date : 1 projet autorisé par la Cnil, 13 avis favorables du Cesres
Un premier appel à projets lancé en 2019
Un premier appel à projets a été lancé début 2019 par le Health Data Hub pour identifier les premières initiatives qui bénéficient aujourd’hui de l’accompagnement du HDH pour leur réalisation. Il était centré autour de 3 objectifs principaux :
- soutenir les usages innovants de la donnée de santé ;
- participer à la construction et au développement du Health Data Hub ;
- démontrer par des résultats rapides les bénéfices de l’utilisation des données.
Les 10 projets sélectionnés ont et pourront tester l’offre de service du HDH en termes d’accompagnement technico-réglementaire et en termes de mise à disposition de technologies et de compétences.
Bilan :
- une première autorisation par la Cnil :
- le projet Hydro porté par ImplicityImplicity sélectionné lors du premier AAP a bénéficié de l’accompagnement du HDH et a récemment été autorisé par la Cnil. Il pourra bientôt croiser les données des dispositifs de plus de 8 000 patients en soin courant avec celles du SNDSSNDSSystème National des Données de Santé afin d’entraîner des modèles permettant de prédire les crises d’insuffisance cardiaque des patients porteurs de pacemaker ;
- 13 avis favorables du CesresCesreesComité éthique et scientifique pour les recherches, les études et les évaluations dans le domaine de la santé sur 18 projets déposés :
- le Cesres est en charge de rendre des avis sur les projets d’études nécessitant le recours à des données personnelles de santé préalablement à l’autorisation de la Cnil ;
- accélération de la plateforme de façon accélérée : en avance de 18 mois pendant la période Covid-19.
Le HDH a posé les briques de l’animation des différentes communautés partenaires, notamment avec Gérard RaymondGérard Raymond, vice-président du HDH et président de France Assos SantéFrance Assos Santé.
Présentation des 10 projets lauréats
À l’issue des deux jours d’auditions, le jury a retenu 10 projets dans le cadre du deuxième AAP du Health Data Hub, qui, « au-delà de leur qualité scientifique ou leurs retombées en termes d’amélioration du système de santé, vont permettre d’enrichir le catalogue de données partagées par le Health Data Hub », souligne le HDH (communiqué).
Un appel ouvert à tous
L’AAP était ouvert à tous (organismes de recherche, établissements et professionnels de santé, associations de patients, industriels, start-up, etc.), dès lors que les porteurs « pouvaient faire état d’un usage innovant de la donnée de santé, répondaient à une finalité d’intérêt public et ne rentraient pas dans le champ des finalités interdites par le Code de la santé publique », rappelle le HDH.
« Conformément à la volonté de co-construction du Health Data Hub, les porteurs de projet devaient prévoir la mise à disposition de jeux de données, de documentation, d’outils ou d’algorithmes créés pouvant servir à l’ensemble de la communauté », ajoute-t-il.
138 initiatives se sont portées candidates à cet appel clôturé le 1er juin :
- structures publiques/laboratoires de recherche : représentent 48 % des porteurs de projets candidats ;
- PME : 43 % ;
- grandes entreprises : 5 % ;
- les associations : 4 %.
Composition du jury :
Le jury était composé de représentants des domaines de la santé, de la recherche et de l’intelligence artificielle :
- Dr Alain LivartowskiAlain Livartowski, président du jury et médecin orthologue en cancérologie, conseiller médical à la direction de la data de l’Institut Curie ;
- Emmanuel BacryBacry Emmanuel, directeur scientifique du HDH et directeur de recherches au CNRS ;
- Olivier ClatzOlivier Clatz, directeur du programme Grand Défi “Amélioration des diagnostics médicaux par l’IA” ;
- Stéphanie CombesStéphanie Combes, directrice du HDH- Isabelle Gentil, directrice de projet à la Délégation ministérielle du Numérique en Santé (DNS) ;
- Nicolas GremyNicolas Gremy, responsable sectoriel e-santé, Bpifrance ;
- Pr Didier Guillemot, directeur d’une équipe Inserm et d’une unité de recherche à l’institut Pasteur ;
- Pr Nathalie Lassau, spécialiste en diagnostic imagerie à l’Institut Gustave Roussy (IGR) ;
- Lætitia N’Doye, chargée de mission santé au Ministère de l’Economie et des Finances- ;
- Frédéric Precioso, référent IA pour l’Agence Nationale pour la Recherche (ANR) ;
- Dr Bertrand Schwartz, directeur scientifique adjoint secteur Biologie Santé à la Direction Générale dela Recherche et de l’Innovation (DGRI) ;
- Dr Albert Vuagnat, conseiller médical à la Drees.
Focus Covid-19 : plus de 400 projets étudiés pendant la crise
L’annonce des lauréats du deuxième appel à projets a été réalisée lors d’un événement au cours duquel différents intervenants sont revenus sur l’utilisation des données de santé dans la réponse à la crises sanitaire. Health & Tech Intelligence revient sur les éléments clés de cette table ronde.
En introdution, Stéphanie Combes a notamment souligné que « plus de 400 projets ont été vus pendant la crise ».
Yann Le Strat, directeur de la direction appui, traitement et analyse de données à Santé Publique France :
On a eu beaucoup d’échanges avec l’Institut Pasteur et le conseil scientifique auprès du gouvernement pour la modélisation des données. Nous avons eu de demandes de données mais on ne pouvaient transmettre certaines d’entre elles car elles ne nous appartenaient pas.
Sur le sujet des enquêtes dans les EhpadEhpadEtablissement d'Hébergement pour Personnes Agées Dépendantess : l’objectif de Santé Publique France est de mettre en place des systèmes de surveillance au sein des établissements. On a déjà des systèmes de surveillance de la grippe mais on n’a pas de vrai SISISystème d'Information, seulement des enquêtes en ligne. On a aussi construit une enquêtes en ligne pour le Covid-19 mais les informations remontées ne sont pas de très bonnes qualités. Un des retours d’expérience de cette crise c’est la nécessité de mettre en place un vrai SI dans les Ehpads.
Mathilde Gaini, adjointe à la direction de l’Observation de la santé et de l’assurance maladie de la Drees
Est apparu début mars le manque d’un espace de centralisation des données standardisées, donc on a créé une plateforme de données agrégées (et non des données individuelles comme dans le HDH) en open data. Des données otiles pour les ARSARSAgence régionale de santé et les chercheurs. Cela a permis de développer un tableau de bord pour aider le pilotage au sein du centre de crise sanitaire. Plus on a des bases exhaustives et importantes, moins on a de marges d’erreur. Par exemple, sur la base Sidep, on a peu de marges d’erreur.
Florence Ribadeau Dumas, médecin en chef, service de santé des Armées, renfort de la cellule decrise sanitaire du ministère des Solidarités et de la Santé :
La cellule de crise du ministère de la santé a dû se baser sur des remontées venues de France et aussi d’autres pays pour prendre des décisions. En France, il y a eu plusieurs canaux de remontée d’infos et surtout du SNDS déjà existant, en particulier des informations provenant des hôpitaux (diagnotic et séjours). Mais on a rencontré un problème : ces informations sont faites pour des remboursements de soins donc elles ne remontent pas très rapidement (facilement 3 mois avant d’être accessibles). Là, avec la pandémie de Covid-19, il y avait urgence à ce qu’elles remontent rapidement, par le biais des adaptations réglementaires. Il y a eu une mobilisation des médecins des DIMDIMDépartement d'Information Médicale au sein des hôpitaux, de la CnamtsCnamtsCaisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés, du HDH et de l'AtihATIHAgence technique de l'information sur l'hospitalisation pour que les remontées soient hebdomadaires. Il s’agit pour le HDH des 1ères remontées du SNDS.
Claude Gissot, directeur de la stratégie des études et des statistiques à la Cnam :
Une semaine après le début du confinement on avait déjà fait des observations sur le niveau d’activités des médecins généralistes, des dentistes, etc., ce qui a permis de constater que tous ces soins devaient ensuite être reprogrammés. Le GISGISgroupement d'intérêt scientifique Epi-Phare (ANSMAgence Nationale de Sécurité du médicament et des produits de santé et Cnam) a émit 3 rapports sur l’utilisation des médicaments pendant cette période. On a alors réalisé qu’on avait arrêter de vacciner, d’initier des traitements, de dépister les cancers colo-rectaux par coloscopie etc. On a observé aussi que la prise de chloroquine chez les patients qui en prenaient au long cours ne les protégeaient pas d’une hospitalisation pour Covid-19. Mais ces données de gestion ne sont pas si faciles que cela à interpréter parce qu’elles n’ont pas été faites pour la santé publique.
Elisa Salamanca, directrice du département « web innovations données » à l’AP-HP :
L’AP-HP a obtenu l’aide de 120 personnes en provenance de l’Inria, des volontaires divers, des entreprises privées etc. pour accélérer l’intégration de données plusieurs fois par jour. Avec la création d’un tableau de bord de données diffusés à la cellule de crise et à différentes équipes médicales de l’AP-HP. Ces données accumulées ont été mises à disposition des chercheurs de l’AP-HP (par exemple 150 000 personnes ont eu un test PCR à l’AP-HP).
Hugues Berry, directeur scientifique adjoint chargé de la santé et de la biologie à l’Inria :
Nous avons soutenu 30 projets pendant la crise. Un réanimateur au CHRU de Nancy a contacté l’Inria pour connaître en temps réel la disponibilité des lits de réanimation autour du CHU de Nancy. Cela nous a conduit à développer une application sur smartphone pour renseigner les lits occupés en réanimation, avec sur une carte de France les nombres de lits disponibles pour tous les hôpitaux du Grand Est puis dans 40 départements en France. Aujourd’hui, le service est fermé mais peut être redémarré à tout moment. Toutes les données accumulées entre le 20 mars et le 20 juin permettent de calibrer le modèle épidémique de propagation de la maladie. Ces données sont mises a disposition sur la plateforme HDH.
Gérard Raymond, président de France Assos Santé :
Face à cette crise, nous avons construit l'étude « Vivre Covid-19 » avec 2 axes :
- comment les usagers de santé vivent cette période du confinement ;
- comment chaque catégorie vit ce retour à la normal
car nous avons constaté que les soins ont été délaissés et que beaucoup de malades chroniques ont manqué de soins. Aujourd’hui, 1 500 personnes sont incluses dans le cadre de cette étude. L’objectif est de mener cette dernière sur 2 ans.
Emmanuel Bacry, directeur scientifique du HDH et directeur de recherches au CNRS :
Force est de constater que le cloisonnement des données est un frein à la recherche du fait de l’hétérogénéité technique (les bases n’ont pas le même format ). Or, la vraie richesse c’est d’avoir des bases interopérables.
Il y a aussi une hétérogénéité de gouvernance d’accès aux données de santé. Certaines gouvernance sont lentes et peu claires. Parfois, c’est le parcours du combattant pour un chercheur d’accéder à des données de santé. Le Health Data Hub a pour but de fluidifier ces accès. Nous allons publier un catalogue de grosses bases de données, qui va permettre aux équipes de recherches d’avoir accès à ces bases de données chaînées entre elles ou chaînées avec le SNDS.
Nous avons aujourd’hui 18 projets pilote hors crise Covid-19 dans le HDH, dont un projet accepté par la Cnil sur la prédiction de la décompensation cardiaque. Dans le cadre de la crise Covid-19, c’est 10 projets dans le pipeline du HDH avec les base de données associées qui vont commencer à la rentrée. La task force data contre le Covid-19 a été mise en place sur commande du Premier ministre. Elle a traité beaucoup de données mais le principal manque en termes de remontées de données a été l’absence d’un observatoire pour la médecine de ville. Il faut mettre cet observatoire en place.
Health Data Hub
• Activité : reprend et élargit les missions de l’INDS en proposant davantage de services pour les demandeurs d’accès aux données de santé :
- un guichet unique ;
- une plateforme sécurisée à l’état de l’art ;
- un catalogue de données documenté construit de manière progressive ;
- une palette d’outils pour favoriser la mise en relation et le regroupement des acteurs clés du secteur
• Création : le 30 novembre 2019
• Siège : Paris
• Direction : Stéphanie Combes, directrice
